| Petalomonadea |
- Petalomonadida
- Petalomonadidae
- Sphenomonadidae
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| Alistosa |
- Decastavida
- Decastavidae
- Keelungiidae
- Lentomonadidae
- Heterostavida
- Ploeotiida
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| Entosiphonea | |
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| Karavia | |
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| Spirocuta | | Anisonemea |
- Anisonemida
- Heteronematales
- Natomonadida
- Astasiidae
- Distigmidae
- Neometanemidae
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| Peranemea |
- Acroglissida
- Peranematida
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| Euglenophyceae |
- Rapazida
- Euglenomonadales
- Eutreptiales
- Euglenales
- Euglenaceae
- Euglenamorphaceae
- Euglenocapsaceae
- Phacaceae
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