File:Coronavirus. SARS-CoV-2.png

Original file ‎(2,048 × 2,048 pixels, file size: 4.54 MB, MIME type: image/png)

Summary

Description
Deutsch: Wissenschaftlich genaues Atommodell der äußeren Struktur des SARS Coronavirus 2 (SARS-CoV-2), einem Stamm (genetische Variante) des Coronavirus, der die Coronavirus-Krankheit (COVID-19) verursachte und erstmals im Dezember 2019 in Wuhan, China, identifiziert wurde.

Jeder einzelne Ort (amorpher Fleck) ist ein Atom von:

 
kobalt: Virushülle
 
purpurrot: Hüllproteine
 
grün: Matrixproteine
 
orange: Glucose (Glycane)
 
türkis: Spike-Proteine
English: Scientifically accurate atomic model of the external structure of the Severe Acute Respiratory Syndrome CoronaVirus 2 (SARS-CoV-2), a strain (genetic variant) of the coronavirus that caused coronavirus disease (COVID-19), first identified in Wuhan, China, during December 2019

Each separate locus (amorphous blob) is a molecule of:

 
cobalt: membrane
 
crimson: E protein
 
green: M protein
 
orange: glucose (glycan)
 
turquoise : S (spike) glycoprotein
Español: Modelo atómico de la estructura externa del SARS-CoV-2. Cada "bola" es un átomo.
Leyenda:
 
azul cobalto — membrana
 
turquesa — glicoproteína de pico (S)
 
carmesí — proteína E
 
verde — proteína M
 
naranja — glucosa
Русский: Научно достоверная атомарная модель внешней структуры коронавируса (SARS-CoV-2). Каждый "шарик" — атом. Опубликовано на N+1.

Научный консультант:
Никитин Н. А. (доктор биологических наук, специалист в области вирусологии)
Борисевич С.С. к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков, руководитель группы «Кванты и Динамика», (с.н.с. лаборатория химической физики УфИХ РАН)
Архипова В.И. (специалитет по направлению фундаментальная и прикладная химия. Лаборатория химии РНК, Институт химической биологии и фундаментальной медицины Сибирского отделения Российской академии наук).

  • В работе были использованы следующие структуры из открытых источников:

Protein Data Bank: 2mls, 6y3y, 5x29, 6yyt Charmm-gui: 6vsb_1_1_1_S309

  • Цветовое обозначение:
 
кобальт — мембрана.
 
бирюза — S-белок.
 
малиновый — E-белок.
 
зелёный — M-белок.
 
оранжевый — гликаны.
Проект был сделан в соответствии с научными источниками:
  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles. // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12. // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase. // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody. // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy. // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix. // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans. // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation. // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development. // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17.
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M. // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336.
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle. // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27.
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology. // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22.
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion. // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104.
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus. // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738.
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane. // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487.

Первичные источники:

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7489918/
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7098027/
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7605623/


Производные моделей протеинов созданы на базе моделей со свободной лицензией (freely available for both non-commercial and commercial use).
Українська: Атомарна модель зовнішньої структури коронавірусу SARS-CoV-2. Кожен «кулька» — атом.
Date
Source

Own work. Scientific consultants:

Nikitin N.A., Doctor of Biological Sciences, Department of Virology, Faculty of Biology, Lomonosov Moscow State University.
Borisevich S.S. Candidate of Chemical Sciences, Specialist in Molecular Modeling of Viral Surface Proteins, Senior Researcher, Head of the "Quantum & Dynamics»,Laboratory of Chemical Physics, Ufa Institute of Chemistry RAS
Arkhipova V.I., specialization in Fundamental and Applied chemistry, senior engineer, RNA Chemistry Laboratory, Institute of chemical biology and fundamental medicine SB RAS
Author Alexey Solodovnikov (Idea, Producer, CG, Editor), Valeria Arkhipova (Scientific Сonsultant)
Permission
(Reusing this file)

Published by N+1 a popular science online publication of Russia (https://nplus1.ru/), protein models are derivative works of the

free license site (freely available for both non-commercial and commercial use)
Other versions
  • animation
  • Conditional motion SARV-CoV-2 (animation)

Sources

Primary sources:

  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7489918/
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7098027/
  • https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7605623/

The following structures from open sources were used in the work, Protein Data Bank (https://www.rcsb.org):

  • 2mls (membrane bilayer complex with matrix metalloproteinase-12 at its beta-face) Koppisetti, R.K., Fulcher, Y.G., Prior, S.H., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S.R. 2014
  • 6y3y (human coronavirus HKU1 haemagglutinin-esterase) Hurdiss, D.L., Drulyte, I., Pronker, M.F. 2020
  • 5x29 (NMR structure of the SARS Coronavirus E protein pentameric ion channel) Torres, J., Surya, W., Li, Y. 2017
  • 6yyt (Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase) Hillen, H.S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. 2020
  • Charmm-gui: 6vsb_1_1_1_S309

Additional sources:

  1. Surya, W., Li, Y., Torres, J. Structural model of the SARS coronavirus E channel in LMPG micelles // Biochim. Biophys. Acta - Biomembr. – 2018. – Vol. 1860. – N. 6. – P. 1309–1317.
  2. Koppisetti, R. K., Fulcher, Y. G., Jurkevich, A., Prior, S. H., Xu, J., Lenoir, M., Overduin, M., Van Doren, S. R. Ambidextrous binding of cell and membrane bilayers by soluble matrix metalloproteinase-12 // Nat. Commun. – 2014. – Vol. 5. – P. 1–14.
  3. Hillen, H. S., Kokic, G., Farnung, L., Dienemann, C., Tegunov, D., Cramer, P. Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase // Nature. – 2020. – Vol. 584. – N. 7819. – P. 154–156.
  4. Harris, L. J., Larson, S. B., Hasel, K. W., McPherson, A. Refined structure of an intact IgG2a monoclonal antibody // Biochemistry. – 1997. – Vol. 36. – N. 7. – P. 1581–1597.
  5. Noreng, S., Bharadwaj, A., Posert, R., Yoshioka, C., Baconguis, I. Structure of the human epithelial sodium channel by cryo-electron microscopy // Elife. – 2018. – Vol. 7. – P. 1–23.
  6. Almond, A., DeAngelis, P. L., Blundell, C. D. Hyaluronan: The Local Solution Conformation Determined by NMR and Computer Modeling is Close to a Contracted Left-handed 4-Fold Helix // J. Mol. Biol. – 2006. – Vol. 358. – N. 5. – P. 1256–1269.
  7. Hurdiss, D. L., Drulyte, I., Lang, Y., Shamorkina, T. M., Pronker, M. F., van Kuppeveld, F. J. M., Snijder, J., de Groot, R. J. Cryo-EM structure of coronavirus-HKU1 haemagglutinin esterase reveals architectural changes arising from prolonged circulation in humans // Nat. Commun. – 2020. – Vol. 11. – N. 1. – P. 1–10.
  8. Yan, Renhong, Yuanyuan Zhang, Yaning Li, Lu Xia, Yingying Guo, Q. Z. Structural basis for the recognition of SARS-CoV-2 by full-length human ACE2 // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 3. – N. 3. – P. 1–8.
  9. Javitt, G., Khmelnitsky, L., Albert, L., Bigman, L. S., Elad, N., Morgenstern, D., Ilani, T., Levy, Y., Diskin, R., Fass, D. Assembly Mechanism of Mucin and von Willebrand Factor Polymers // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 717-729.e16.
  10. Daniel Wrapp, Nianshuang Wang, Kizzmekia S. Corbett, Jory A. Goldsmith, Ching-Lin Hsieh, Olubukola Abiona, B. S. G., McLellan, and J. S. Cryo-EM structure of the 2019-nCoV spike in the prefusion conformation // Science (80-. ). – 2020. – Vol. 21. – N. 1. – P. 1–9.
  11. Wang, M. Y., Zhao, R., Gao, L. J., Gao, X. F., Wang, D. P., Cao, J. M. SARS-CoV-2: Structure, Biology, and Structure-Based Therapeutics Development // Front. Cell. Infect. Microbiol. – 2020. – Vol. 10. – N. November. – P. 1–17. (https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33324574/)
  12. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular Architecture of the SARS-CoV-2 Virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730-738.e13.
  13. Oostra, M., de Haan, C. A. M., de Groot, R. J., Rottier, P. J. M. Glycosylation of the Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus Triple-Spanning Membrane Proteins 3a and M // J. Virol. – 2006. – Vol. 80. – N. 5. – P. 2326–2336. (https://europepmc.org/article/MED/16474139)
  14. B.W. Neuman, M. J. B. Supramolecular Architecture of the Coronavirus Particle // Adv. Virus Res. – 2020. – Vol. 96. – P. 1–27 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7112365/, https://europepmc.org/article/PMC/1563832)
  15. Neuman, B. W., Kiss, G., Kunding, A. H., Bhella, D., Baksh, M. F., Connelly, S., Droese, B., Klaus, J. P., Makino, S., Sawicki, S. G., Siddell, S. G., Stamou, D. G., Wilson, I. A., Kuhn, P., Buchmeier, M. J. A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology // J. Struct. Biol. – 2011. – Vol. 174. – N. 1. – P. 11–22. (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4486061/)
  16. Yu, A., Pak, A. J., He, P., Monje-Galvan, V., Casalino, L., Gaieb, Z., Dommer, A. C., Amaro, R. E., Voth, G. A. A multiscale coarse-grained model of the SARS-CoV-2 virion // Biophys. J. – 2021. – Vol. 120. – N. 6. – P. 1097–1104 (https://europepmc.org/article/PMC/PMC7695975, https://search.bvsalud.org/global-literature-on-novel-coronavirus-2019-ncov/resource/en/covidwho-947143)
  17. Yao, H., Song, Y., Chen, Y., Wu, N., Xu, J., Sun, C., Zhang, J., Weng, T., Zhang, Z., Wu, Z., Cheng, L., Shi, D., Lu, X., Lei, J., Crispin, M., Shi, Y., Li, L., Li, S. Molecular architecture of the SARS-CoV-2 virus // Cell. – 2020. – Vol. 183. – N. 3. – P. 730–738 (https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420311594)
  18. Choi, Y. K., Cao, Y., Frank, M., Woo, H., Park, S. J., Yeom, M. S., Croll, T. I., Seok, C., Im, W. Structure, Dynamics, Receptor Binding, and Antibody Binding of the Fully Glycosylated Full-Length SARS-CoV-2 Spike Protein in a Viral Membrane // J. Chem. Theory Comput. – 2021. – Vol. 17. – N. 4. – P. 2479–2487 (https://www.researchgate.net/publication/349986293_Structure_Dynamics_Receptor_Binding_and_Antibody_Binding_of_the_Fully_Glycosylated_Full-Length_SARS-CoV-2_Spike_Protein_in_a_Viral_Membrane)

Licensing

I, the copyright holder of this work, hereby publish it under the following license:
w:en:Creative Commons
attribution share alike
This file is licensed under the Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 International license.
You are free:
  • to share – to copy, distribute and transmit the work
  • to remix – to adapt the work
Under the following conditions:
  • attribution – You must give appropriate credit, provide a link to the license, and indicate if changes were made. You may do so in any reasonable manner, but not in any way that suggests the licensor endorses you or your use.
  • share alike – If you remix, transform, or build upon the material, you must distribute your contributions under the same or compatible license as the original.

Assessment

Picture of the year
Picture of the day
Featured picture
Quality image
Quality image
Valued image
Valued image

Wikimedia Commons

This file was a finalist in Picture of the Year 2021.
This file was the picture of the day on August 8, 2021.
This is a featured picture on Wikimedia Commons (Featured pictures) and is considered one of the finest images. See its nomination here.
This is a Quality image and is considered to meet the Quality image guidelines.
This image has been assessed under the valued image criteria and is considered the most valued image on Commons within the scope SARS-CoV-2 (Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), coronavirus.

If you have an image of similar quality that can be published under a suitable copyright license, be sure to upload it, tag it, and nominate it.

Captions

Model of the coronavirus.

Items portrayed in this file

depicts

SARS-CoV-2

creator

some value

URL: https://commons.wikimedia.org/wiki/user:AlexeySolodovnikov
Wikimedia username: AlexeySolodovnikov
author name string: AlexeySolodovnikov

copyright status

copyrighted

copyright license

Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International

source of file

original creation by uploader

inception

4 May 2021

Commons quality assessment

Wikimedia Commons quality image

Wikimedia Commons valued image

start time: 27 May 2021

Wikimedia Commons featured picture

MIME type

image/png

checksum

eb4db5448ad22fc4c229437fae4692de527c749d

determination method: SHA-1

data size

4,765,767 byte

height

2,048 pixel

width

2,048 pixel

File history

Click on a date/time to view the file as it appeared at that time.

Date/TimeThumbnailDimensionsUserComment
current22:17, 9 January 20222,048 × 2,048 (4.54 MB)Jul059Lossless file size reduction
03:58, 24 September 20212,048 × 2,048 (4.6 MB)Iketsilossless compression
16:06, 15 June 20212,048 × 2,048 (5.34 MB)AlexeySolodovnikovfix color bug
14:28, 13 June 20212,048 × 2,048 (5.34 MB)AlexeySolodovnikovМы обновили модель. В роли нашего научного консультанта выступил доктор биологических наук, специалист в области вирусологии, Никитин Н. А. и к.х.н специалист по молекулярному моделированию поверхностных вирусных белков Борисевич С.С. Под их руководством в модель были внесены следующие правки: Изменено количество S-белков с 90 до 38, количество M-белков было увеличено до 1000, а E-белков, как минорных компонентов мембраны, снижено до 15, HE-белок удалён. Также была принята во внимание шарни...
11:06, 17 May 20212,048 × 2,048 (16.04 MB)AlexeySolodovnikovadd alpha
18:41, 4 May 20212,048 × 2,048 (16.04 MB)AlexeySolodovnikovUploaded own work with UploadWizard

More than 100 pages use this file. The following list shows the first 100 pages that use this file only. A full list is available.

View more links to this file.

Global file usage

The following other wikis use this file:

  • Usage on alt.wikipedia.org
    • Ӱлекер:Potd/2021-08
  • Usage on ar.wikipedia.org
    • مراكز السيطرة على الأمراض والوقاية منها
    • فيروس كورونا
    • مستخدم:Amira Hashem1996/ملعب
    • مناطق انتشار جائحة فيروس كورونا حسب الدولة والمنطقة
    • عزل ووهان 2020
    • قائمة حوادث كراهية الأجانب والعنصرية المرتبطة بجائحة فيروس كورونا
    • مستشفى هوو شين شان
    • مستشفى لي شين شان
    • جائحة فيروس كورونا في العراق
    • معهد ووهان لأبحاث الفيروسات
    • جائحة فيروس كورونا في إيطاليا
    • جائحة فيروس كورونا في الجزائر
    • جائحة فيروس كورونا في اليونان
    • اللجنة الوطنية للصحة (الصين)
    • جائحة فيروس كورونا في الكويت
    • جائحة فيروس كورونا في الكاميرون
    • المركز الصيني لمكافحة الأمراض والوقاية منها
    • جائحة فيروس كورونا في البوسنة والهرسك
    • أثر جائحة فيروس كورونا على الحياة الاجتماعية
    • مستشفى ووهان المركزي
    • جائحة فيروس كورونا في الأردن
    • أثر جائحة فيروس كورونا على الرياضة
    • جائحة فيروس كورونا في السودان
    • جائحة فيروس كورونا في فرنسا
    • جائحة فيروس كورونا في إفريقيا
    • جائحة فيروس كورونا في جمهورية الكونغو الديمقراطية
    • جائحة فيروس كورونا في الغابون
    • انهيار فندق شينجيا إكسبريس
    • جائحة فيروس كورونا في توغو
    • جائحة فيروس كورونا في غينيا
    • جائحة فيروس كورونا في رواندا
    • جائحة فيروس كورونا في ساحل العاج
    • جائحة فيروس كورونا في ناميبيا
    • جائحة فيروس كورونا في كينيا
    • جائحة فيروس كورونا في مايوت
    • جائحة فيروس كورونا في لا ريونيون
    • قيود السفر بسبب جائحة فيروس كورونا
    • جائحة فيروس كورونا في غينيا الاستوائية
    • جائحة فيروس كورونا في جمهورية إفريقيا الوسطى
    • جائحة فيروس كورونا في جمهورية الكونغو
    • جائحة فيروس كورونا في سيشل
    • جائحة فيروس كورونا في ليبيريا
    • جائحة فيروس كورونا في الصومال
    • جائحة فيروس كورونا في تنزانيا
    • جائحة فيروس كورونا في كازاخستان
    • جائحة فيروس كورونا في أوروبا
    • لقاح كوفيد-19
    • جائحة فيروس كورونا في أوقيانوسيا
    • جائحة فيروس كورونا في كولومبيا

View more global usage of this file.

Retrieved from "https://en.wikipedia.org/wiki/File:Coronavirus._SARS-CoV-2.png"